虎杖悠仁是一位体育万能的高中生，某天捡到了一个被布条所包裹的手指，并将其交予其研究灵异事件的社团中的学姐，学姐解开封印，意外导致其他咒灵吸引过来，攻击学姐与另外一名社团成员。他为了从“咒物”危机中解救学姐，而吞下了被诅咒的手指“两面宿傩之指”，让“宿傩”这种诅咒跟自己合二为一。
在最强咒术师五条悟的指引下，虎杖悠仁进入对诅咒专门机关“东京都立咒术高等专门学校”，并遇到了伏黑惠与钉崎野蔷薇这两位同学。为了实现爷爷要他“助人”的遗言，虎杖将会与“诅咒”战斗下去。为了祓除诅咒而成为诅咒的少年，无法回头的壮阔故事开始了......
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