自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉
怀才不遇的编剧的亨利（蒂尔·施威格 Til Schweiger饰）本来过着放荡不羁的单身生活，可却被一个相貌可爱古灵精怪的八岁女孩儿玛德莲娜（爱玛·施威格 Emma Schweiger饰）打破，还自称是他的女儿。半路杀出的“女儿”原来是八年前一夜情的结晶，毫无经验的亨利只能硬着头皮照料这位天降“女儿”。与此同时，亨利接到一桩改编畅销小说的大案子，跟他共同执笔的竟然是旧情人凯萨琳娜（雅斯明·格拉特 Jasmin Gerat饰）。亨利本想趁此良机追回最爱，可是调皮的玛德莲娜夹在中间，闹出了一连串啼笑皆非却温情
