1979年，罗马梵蒂冈教廷意识到和恶魔撒旦有着莫大关系的一名女婴诞生在纽约，二十年后，距离本世纪还剩最后三天的12月28日，撒旦（加布里埃尔·伯恩 Gabriel Byrne 饰）以一名人类银行家的肉身重现人间，丧失了妻女的前任警察杰瑞克（阿诺·施瓦辛格 Arnold Schwarzenegger 饰）和自己的安保团队受雇于伪装的魔鬼，为其提供保护。不久一名神父冒死狙杀撒旦，不幸失败，他在临死前向布瑞克提出警告。布瑞克与同伴按照神父留下的线索找到了女子克里斯汀（罗宾·汤尼 Robin Tunney 饰），
蝙蝠侠（迈克尔•基顿 Michael Keaton 饰）归来了！自从打败“小丑”后，高谭市获得片刻的宁静。然而，又一个强大的对手出现了！这次是脾气乖张暴戾的“企鹅”。“企鹅”因为是次子，所以自幼就被父母遗弃，落下残疾，导致“企鹅”对整个社会都心生不忿。长大后“企鹅”的企鹅决心杀回高谭市，将市内的长子都杀光，并控制整个高谭市。在迫使邪恶商人马克斯（克里斯托弗•沃肯 Christopher Walken 饰）帮忙后，“企鹅”顺利当上了高谭市长。同时，马克斯的秘书西莉娅（米歇尔•菲佛 Michelle Pfei
高谭市的黑暗势力又开始蠢蠢欲动了，这次是毁了半边脸的“双面人”（汤米•李•琼斯 Tommy Lee Jones 饰）。一次，“双面人”袭击了马戏团，演员迪克（克里斯•奥唐纳 Chris O'Donnell 饰）阻止了“双面人”的阴谋，家人却因此惨遭杀害。布鲁斯（瓦尔•基尔默 Val Kilmer 饰）收留了迪克，并说服了满腔仇恨的迪克留了下来。因研究计划被拒绝而仇视韦布斯的公司职员爱德华（金•凯瑞 Jim Carrey 饰）成功研究出脑波吸收装置，化身成为“谜语侠
时光飞逝，当年的小飞侠彼得·潘（Robin Williams 罗宾·威廉姆斯 饰）已长大成人，成为一名出色能干的律师。他与儿时的女伴温蒂（玛吉·史密斯 Maggie Smith 饰）的孙女结婚，并育有两个可爱的孩子。一家人在现实世界中幸福温馨，其乐融融。此时的彼得已忘记了自己小飞侠的身份，以及曾在梦幻岛上那惊险和快乐的时光。在带着妻儿探望祖母的路上，邪恶的铁钩船长（Dustin Hoffman 达斯汀•霍夫曼 饰）竟然再次出现，并虏去了他们的孩子。焦急的彼得手足无措，为了拯救孩子，他必须尽快找回小飞侠的身
