1873年的美国西部，杰克·洛根（丹尼尔·克雷格 Daniel Craig 饰）突然醒来，发现自己身处荒漠。自己为什么会在这儿，完全不记得了，身上仅有手腕上的一个神秘金属装置。为了找回失去的记忆，杰克回到了小镇上。但是他发现小镇上的居民对他却不怎么友好，而且想要在小镇上呆下去，必须得到伍德罗（哈里森·福特 Harrison Ford 饰）这位小镇开拓者的首肯才行。可是，最恐怖的事情却发生了，几艘诡异的外星飞船突然出现，并用劫掠走了小镇上的很多人。这时，杰克突然触动了手腕上的金属装置，将一艘外星飞船打了下来
保罗（盖布瑞·马赫特 Gabriel Macht 饰）是洛杉矶警局的特警，他被派遣到了底特律特警组，成为了那里的教官。在一场行动中，由于保罗的失误导致了人质萝丝（克里斯塔娜·洛肯 Kristanna Loken 饰）的死亡，而罪魁祸首沃尔特（罗伯特·帕特里克 Robert Patrick 饰）则逃之夭夭。
这场事故的发生让保罗的职业生涯陷入了困境之中，他遣走了对自己积怨颇深的底特律特警组组长凯洛格（尼古拉斯·冈萨雷斯 Nicholas Gonzalez 饰），扶持曾经的好友洛瑞（香侬·凯恩 Shanno
五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的
