在险恶的日据时代，赛德克族被迫失去自己的文化信仰，男人须服劳役不得狩猎、女人帮佣不能编织彩衣，骁勇善战的英雄莫那鲁道（林庆台 Ching-tai Lin 饰），见证三十年来的压迫统治。因一场误会种下日警和赛德克族的紧张关係，自此族人便活在恐遭日警报复的阴霾中，忍辱负重的莫那鲁道在深思后，虽知将面临灭族危机，但他明白唯有挺身为民族尊严反击，才能成为真正的赛德克人，于是决心带领族人循着祖灵之训示，夺回属于他们的猎场……
在上一集J（威尔·史密斯 Will Smith 饰）重新召回K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）作为搭档之后，时间又过去了许多年，但是外星人对地球的觊觎却一直没有停歇。而且J还了解到了K已经死了四十多年。无论未来如何发展，K都和外星人入侵地球有着千丝万缕的联系。而且这段时间，J了解到是一个叫做鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）的外星罪犯在1969年干掉了当时还没有太多经验的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰）。而在四十多年后，这个鲍里斯就成为了地球
