这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰）坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。
法国青年瑞斯（乔纳森•莱斯•梅耶斯 Jonathan Rhys Meyers 饰）在大使馆中工作，同时他还是美国情报部门的见习人员，精明强干的瑞斯对“换车牌”，加窃听器之类的任务自然是驾轻就熟，但是他很快迎来了真正的挑战——配合探员瓦克斯（约翰•特拉沃塔 John Travolta 饰）在巴黎的行动。瓦克斯作风强硬，举止粗暴。恍如漫画中走出的美国英雄，甫一下飞机，便咬住了毒品的线索一路大开杀戒，先后与华人、巴基斯坦和黑人帮派连番激战……瑞斯对神奇的瓦克斯目瞪口呆之余，也渐渐跟上了他的节奏。任务接近尾声之时
