这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速
在虫族突袭布宜诺斯艾利斯之后，联邦军队发动反攻，在坦戈约里击溃虫族，并在P行星虏获虫族首领。在此之后，联邦军队乘胜追击，派大军杀向虫族隔离区。残酷的战斗没有止境，机动部队第6战队遭到虫族围攻，苦盼救援部队不得，眼看灭亡在即。关键时刻，第6战队首领夏普德将军（埃德·劳特 饰）与几名士兵吸引虫族，命令霍顿（Jason-Shane Scott 饰）、珊蒂余下的战士前往最近的祖鲁角哨站避难。此前，该哨站已经废止，所有人员全部死亡，只有一名中尉幸存。在这个隔绝之地，战士们进行最后的抵抗……
